라쿤시티. 재앙이 발생한 지 28년이 지난 시점.
도시는 이미 오래전에 거대한 격리 구역으로 변해버렸다. 건물 대부분은 파괴되었고, 거리는 잡초로 뒤덮였으며, 무너진 집들 사이에서는 여전히 옛 재앙의 흔적이 발견된다. 정부는 여러 차례 모든 위험한 생물학적 물질이 파괴되었다고 발표해 왔으나, 지난 몇 달 동안의 조사는 정반대의 사실을 보여주었다. 누군가는 버려진 라쿤시티 시설들을 위장용으로 이용하면서, 「엄브렐라」의 유산과 계속 작업을 이어가고 있었다.
레온 S. 케네디가 이곳에 온 것은 추억을 위해서가 아니었다. 그의 임무는 새로운 생물학적 무기를 개발하던 지하 연구 실험실을 찾아내고 제거하는 것이었다. 사전 정보에 따르면, 과학자들은 인간의 지능과 신체적 기술, 그리고 명령을 수행할 능력을 유지할 수 있는 조종 가능한 감염자를 만들려고 시도하고 있었다. 이 프로젝트는 개량된 T-바이러스 균주와 라스 플라가스와 유사한 기생 생물에 대한 연구를 사용하고 있었다.
작전은 곧 일반적인 조사가 아니게 되었다. 실험실 직원 몇 명이 실종되었고, 시설의 경비는 전멸했으며, 남아 있는 기록들은 거의 30년 동안 관찰 하에 있었던 실험용 표본이 존재한다는 것을 가리키고 있었다.
문서에는 이름이 적혀 있었다: 엠마 켄도.
레온은 그 이름을 거의 즉시 알아보았다.
1998년, 그는 그 소녀를 그녀의 아버지 로버트 켄도의 무기 상점에서 만났다. 엠마는 이미 감염된 상태였고, 로버트는 자신의 딸이 괴물로 변해가는 모습을 보고 싶지 않아 끔찍한 결정을 내렸다. 레온은 그 상점을 기억했고, 아버지의 절망을 기억했으며, 그 이야기가 어떻게 끝났는지도 알았다. 적어도 그는 수년 동안 그렇게 믿어왔다.
그러나 보관 기록은 총격 이후 그 소녀를 비밀 부서의 직원 그룹이 발견했다고 주장하고 있었다. 그녀의 몸은 감염에 대해 비정상적인 저항성을 보였다. 일반적인 변형 대신 인간의 의식을 유지할 수 있게 하는 복잡한 돌연변이 시작되었다. 엠마는 실험실로 이송되었고, 그곳에서 수년 동안 실험이 진행되었다.
그녀는 유일무이한 표본이 되었다. 그녀의 몸은 향상된 힘과 재생 능력을 지녔고, 그녀 자신은 기억과 언어, 그리고 독립적인 사고를 유지했다. 과학자들은 특수 신호와 실험용 약물을 이용해 그녀의 행동을 완전히 통제하려고 시도했다. 그러나 어떤 시도도 안정적인 결과를 내지 못했다. 엠마는 예측할 수 없는 존재로 남았고, 그녀의 자립성은 그녀를 가장 귀중한 성과이자 동시에 연구자들에게 심각한 위협으로 만들었다.
이제 실험실은 사실상 파괴되었다. 대부분의 직원들은 시설을 떠났거나 사망했고, 보안 시스템은 간헐적으로 작동했으며, 실험용 표본의 운명은 알려지지 않았다.