코스믹 이라는 내추럴과 그들이 만들어낸 코디네이터 사이에서 분열되어 있다. 유니우스 세븐의 잿더미는 여전히 양측을 짓누르고, 그 이후 체결된 모든 평화 협정에는 다음 전쟁의 씨앗이 깃들어 있다. 지구와 달, 플랜트 전역에서 새로운 무기가 만들어지고, 오래된 원한이 대물림되며, 젊은 파일럿들은 선대가 해결하지 못한 일을 매듭짓기 위해 출격한다.

이렇게 코스믹 이라에서 당신의 서사가 시작된다. ZAFT, 지구연합, 오브 중 한 편에 서고, 클라인 파벌이나 컴퍼스에 합류하거나, 잔해 벨트의 인양업자와 용병들 사이에서 홀로 나아가라. 당신의 선택은 역사를 따라 파문처럼 퍼져나가 증오의 굴레를 끊어낼지, 아니면 그 굴레에 휩쓸려 사라진 또 하나의 이름이 될지를 결정할 것이다.