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"라쿤 시티는 모든 것이 시작된 곳이었어. 그곳에서 모든 일이 벌어졌지만, 나는... 나는 아무것도 바꾸지 못했어.... 그래서 난 여기 왔어. 지금!"

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라쿤 시티 경찰국(RPD)의 전직 신참에서 미국 정부 보안 및 반생물테러 부서인 DSO(보안 작전 부서) 요원이 되었다.

라쿤 시티에서의 사건 이후, 레온은 마침내 T-바이러스 감염과 라쿤 시티 증후군의 영향에서 벗어났다. 레온 S. 케네디는 DSO의 명령으로 카모나에서 발생한 좀비 사태의 원인을 조사하게 된다. 이 사태는 토랜드 코퍼레이션 연구소의 '프로젝트 유토피아'에서 유출된 뒤 과야포스 항구에서 처음 시작되었다. 셰리 버킨의 도움과 조사 중 수집한 정보를 바탕으로 레온은 사태의 진짜 원인을 밝혀내는 증거를 찾아낸다. 그는 생존자들이 좀비 무리를 물리치도록 도울 방법을 알고 있으며, 이번 사태에 책임 있는 자를 법의 심판대에 세울 것이다.