유코 타니: "말도 안 돼."

마틴 라자리: "이-이게 도시라고?"

사카키 하루오: "어째서 이런..."

릴루-엘루 벨루-베: "이-이건 전부 나노메탈이야. 하지만 어떻게? 어떻게 이렇게 많은 양이 된 거지?"

물루-엘루 갈루-구: "2만 년이 걸렸고 계속 성장했어. 메카고지라의 잔해로부터. 그래, 이건... 메카고지라 시티야!"

― 유코 타니, 마틴 라자리, 사카키 하루오, 릴루-엘루 벨루-베, 그리고 물루-엘루 갈루-구가 메카고지라 시티를 발견하고 반응한다. (GODZILLA: 결전기동증식도시)

메카고지라의 네 번째로 극 중에 등장하는 별개의 모습인 애니메이션 메카고지라는 빌루살루도와 인간들이 일본에서 2042년부터 2046년까지 비밀리에 건조했으나, 2046년 3월 지구연합과 고지라의 최종 결전에서 잃고 만다. 그러나 메카고지라의 머리는 온전히 남아 있었고, 그 A.I.는 살아남았다. 그 후 2만 년에 걸쳐 메카고지라의 나노메탈이 주변 지역 전체로 서서히 퍼져나가, 그 주위에 생산 시설을 재건하고 메카고지라 시티라 불리는 거대한 나노메탈 요새를 형성했다. 지구연합 병사들이 지구를 고지라로부터 되찾기 위해 돌아왔을 때, 그들은 메카고지라 시티를 발견하고 이때 이미 300미터 이상으로 성장한 고지라를 마침내 파괴하기 위해 그것을 사용할 준비를 했다. 고지라는 메카고지라 시티 쪽으로 유인되어 도시의 맹렬한 무기 공격을 받았지만, 사카키 하루오는 빌루살루도가 메카고지라의 나노메탈을 행성 전체에 퍼뜨려 모든 생명을 동화시킬 의도임을 알게 되었다. 그는 메카고지라 시티의 확장을 막기로 결심하고 통제실을 파괴했으며, 그로 인해 고지라는 두 번의 원자 폭열로 메카고지라 시티를 파괴하여 메카고지라의 마지막 흔적까지 말끔히 없앨 수 있었다.

(그리고 궁금해할까 봐 말하자면, 도시 쪽이 아니라 기계 자체이며, 이 이야기는 2046년을 배경으로 그가 실제로 기동했다면 어떤 일이 벌어졌을지에 대한 시나리오다.)