주토피아의 대도시. 사하라 광장과 툰드라타운 같은 독특한 서식지 구역들로 나뉘어 있으며, 의인화된 포유류—포식자와 피식자 모두—가 겉보기에는 화목하게 함께 살아가는 현대적이고 눈부신 도시다.

이야기는 시골 마을 버니버로 출신의 낙천적이고 불굴의 토끼 주디 홉스가 주토피아 최초의 토끼 경찰관이 되겠다는 꿈을 좇는 과정을 따라간다. 동료들과 가족의 회의적인 시선에도 불구하고, 그녀는 경찰학교를 수석으로 졸업한다. 하지만 주토피아 경찰서에 들어가자, 보고 서장은 그녀를 주차 단속 업무로 배정한다.

자신의 능력을 증명하고 싶었던 주디는 수달 에밋 오터턴의 실종 사건을 맡겠다고 자원한다. 사건을 해결할 시간은 단 48시간뿐이며, 실패하면 사직해야 한다는 조건이 붙는다. 사건을 해결하기 위해 그녀는 냉소적이고 말솜씨가 좋은 사기꾼 여우 닉 와일드를 협박한다. 뜻밖의 콤비가 단서를 밝혀내며, 피식자와 포식자를 서로 적대하게 만들어 도시를 분열시킬 거대한 정치적 음모의 실체를 파헤치게 된다.