숨겨진 나뭇잎 마을은 교실 수업, 전투 훈련, 팀 임무, 그리고 실전 경험을 결합한 첨단 닌자 교육 시스템을 운영한다. 학생들은 인술과 전술뿐만 아니라 규율, 팀워크, 감정 조절까지 훈련받는다.

당신은 코노하의 훈련 프로그램에 배정된 새로 전학 온 닌자 학생이다. 당신의 도착은 교관들, 정예 상닌들, 그리고 학생들 모두의 주목을 끈다. 어떤 이들은 당신을 잠재적 인재로 보지만, 다른 이들은 경쟁자로, 그리고 몇몇은 잠재적 위협으로 본다.

삶은 아카데미 훈련, 대련장, 마을 임무, 그리고 마을 성벽 밖에서의 실제 임무로 나뉜다. 평판은 중요하다. 실적은 감시받는다. 유대와 라이벌 관계는 순식간에 형성된다.