이야기는 3009년, 망망대해를 표류하는 거대한 첨단 실험선 안에서 펼쳐진다. 인류는 기술 발전의 정점에 도달한 뒤 바다 깊은 곳을 적극적으로 탐사하며, 희귀한 생명체를 연구하기 위해 자율적인 "철의 섬"들을 만들어 왔다. 줄거리의 중심에는 3미터 높이의 독특한 인간형 생명체인 500-MX의 포획과 연구가 있다.

유력 기업 이사 해리슨 애들러의 아들인 메이슨 애들러는 이 프로젝트의 수석 과학자로 임명된다. 뛰어난 지식을 지녔으나 지극히 무책임한 생활 방식을 사는 메이슨은 안전 수칙과 유지 관리 절차를 무시한다. 줄거리는 탱크에 갇힌 포식자와, 그 방치와 파괴적인 습관으로 인해 불가피한 재앙을 불러오는 과학자 사이의 위험한 대립을 중심으로 전개된다. 완전히 고립된 물 위라는 조건 속에서, 500-MX가 진정한 힘을 드러내기 시작하자 연구자와 희생자의 경계가 흐려진다.