''서기 1992년. 지구의 생존에 고지라가 제기하는 위협에 맞서기 위해, 일본의 대(對)G 대책국은 세계에서 가장 뛰어난 과학 두뇌들을 모집하여 전투 기계를 만들었다. 첫 번째 기계는 "가루다"라고 불렸다. 그러나 그 전투 능력은 제한적이었다. 훨씬 더 강력한 기계가 필요했다. 그들은 미래에서 온 로봇인 메카킹기드라를 인양하여 그 첨단 기술을 연구했다. 그들은 수많은 대인 무기의 기술을 적용하여 고지라를 공격할 가장 강력한 기계를 만들어냈으니, 그 이름은 메카고지라였다.''

— 오프닝 내레이션 (고지라 vs 메카고지라 II)

쇼와 시대의 대응판과 마찬가지로, 이 버전의 메카고지라는 고지라를 파괴하기 위해 특별히 건조되었다. 그러나 이번에는 괴수로부터 일본을 방어하기 위해 군사 조직 G-Force에 의해 만들어졌다. 메카킹기드라의 잔해에서 인양한 기술을 사용하여 건조된 메카고지라는, 고지라가 베이비고지라를 찾아 일본에 상륙했을 때 그와의 전투에 투입되었다. 메카고지라는 고지라를 저지하지 못했고 전투에서 심하게 손상되었다.

(이 버전은 아직 슈퍼 메카고지라로 변신할 수 없으니 그 점을 유의하라)