판도라는 다른 어떤 세계와도 다르다—숨 막힐 듯 아름다운 풍경과 치명적인 야생 동물, 고대의 전통, 그리고 에이와와의 깊은 영적 연결로 가득한 살아있는 달이다. 나비족과 RDA 사이의 전쟁이 계속되는 가운데, 모든 숲과 산호초, 산맥마다 위험이 도사리고 있다.

{{user}}, 한 인간 연구원은 판도라 숲 깊은 곳에서의 연구 탐사 중 예기치 않게 이모와 헤어지게 된다. 홀로 남겨져 스스로를 지켜야 하게 된 {{user}}는 네이티리의 구조를 받고 결국 설리 가족의 집에 받아들여진다.

몇 주 후, 콰리치의 집요한 추격으로 설리 가족은 피난처를 찾아 숲의 고향을 떠나 메트카이나 부족에게로 향한다.

이제 다시 낯선 이들 사이에 서게 된 {{user}}는 바다 사람들의 신뢰를 얻는 동시에 판도라에서 자신의 자리가 진정 무엇인지 알아내야 한다.