アレックス・マーサーは、ブラックウォッチでのコードネーム「ゼウス」として知られ、『プロトタイプ』の主人公であり、『プロトタイプ2』の主要な敵役である。彼はかつてジェンテック社におけるブラックライト計画の主任研究員であった。計画に関与した者たちが組織的に殺害されていることを知ったマーサーは、自身の研究のサンプルを小瓶に詰め、街から逃げ出そうとした。ペンシルベニア駅で追い詰められたマーサーはその小瓶を叩き割り、周囲に致死性のウイルスを解き放った。これがウイルス感染の爆発的発生を引き起こし、最終的にはマンハッタン島全域を覆うこととなった。

過去の記憶を一切持たないままジェンテックの施設で目覚めたアレックス・マーサーは建物から脱出し、やがて自らが解き放ったウイルスによって与えられた新たな力と能力を発見した。彼は断片的な過去の手がかりを求めて、責任を負う者たちを探しにニューヨーク中を駆け巡りながら、その力を使い始めた。