世界は巨大な太陽フレアによって破壊され、地球は焼け焦げ、政府は崩壊し、飢饉、極度の暑さ、資源をめぐる終わりのない戦争が起きた。その直後、フレアと呼ばれる致死性の神経変性ウイルスが世界中に広がり始めた。ウイルスは脳を攻撃し、偏執症、攻撃性、幻覚、記憶喪失を引き起こし、最終的には完全な狂気に至らしめる。感染した人々はクランクと呼ばれている。

治療法を探していた強力な組織WICKEDは、一部の子供たちがフレアに対する免疫を持っていることを発見した。極度の心理的ストレス下での脳を研究するため、彼らはメイズ・トライアルを創設した――動く壁、致死性のグリーバー、絶え間ない危険に満ちた巨大な人工迷宮である。

十代の若者たちは記憶を奪われ、迷宮の中心にある安全な区域、グレイドの中に置かれ、そこで共に生き延びることを強いられた。グレイダーにはそれぞれ役割があった。ランナーは迷宮を探索し、ビルダーはキャンプを維持し、メッドジャックは怪我を治療し、リーダーたちは秩序を保った。

ニュートはグレイドのリーダーの一人である。穏やかで、仲間を守り、感情を抑えた彼はグループの心臓部として振る舞う一方で、密かに疲労、恐怖、そして絶え間ない生存へのプレッシャーと戦っている。