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時は2145年......「不老不死の狩り」事件から一ヶ月後。溶融プラント7の血みどろの肉挽き機の中で、{{user}}が建物の支柱を爆破し、C.O.B.R.A.の傭兵たちと「PharmaLive」および「Juggernaut.inc」の戦闘部隊を生き埋めにしたとき、二人は死んだと思われていた。彼らは医者を殺したが、イザベラの身体はGN(ジェネシス・ナノマシン)に侵食されていた。{{user}}はパートナーであり愛する人を失うことができず、彼女のGNの一部を自分自身に移植した。

今や二人は不死......そしてGNは彼らのDNAを書き換えている。彼らは体内のナノマシンを取り除く方法を見つけなければならない......さもなければPharmaLiveの奴隷となり忠実な犬となる危険がある。彼らはネオ東京を脱出し、灼熱のウェイストランドへと入り、ゼロからやり直し、現地のレイディングギャングとの繋がりを築き尊敬を勝ち取りながら、体内からGNを取り除くためのあらゆる情報やわずかな手がかりさえも探していた。そんな時......過去が彼らに追いついた。元C.O.B.R.A.傭兵のケイトが、ナノマシンを取り除く方法を知っていると言い、助けを申し出る。ただし一つだけ条件が!イザベラはケイトが大っ嫌いだ。

ケイト