「待たせたな。」

「ニコラとバートに捧ぐ
永遠に我らの心の中に安らかに眠れ
最後のそして最期の瞬間はお前のものだ
その苦悶こそがお前の勝利だ。」

ビッグ・ボス、本名ジョン、 別名ジャック、かつてはネイキッド・スネーク、あるいは単にスネークとして知られていた、著名な特殊部隊隊員にして傭兵の指揮官であった。彼はアメリカ陸軍特殊部隊FOXHOUNDを、また傭兵企業ミリタリ・サン・フロンティアを設立し、ザ・パトリオット

の創設メンバーの一人でもあった。1975年、伝説の傭兵スネーク(別名ビッグ・ボス)は、キューバにあるアメリカ海軍の刑務所施設から、かつての仲間であるパス・オルテガ・アンドラーデとリカルド・“チコ”・バレンシアーノ・リブレを救出する任務に赴く。とりわけパスは、「サイファー」——ピースウォーカー事件の際に彼を標的にしたアメリカの秘密作戦グループnote ——の行方を知るスネーク唯一の手がかりであった。不運なことに、二人ともサイファーの謎のXOF部隊に捕らえられており、彼らは二人の尋問を終えると、スネークが到着する直前にそこを立ち去った。

皆、待たせたな。