ディストピア的で終末後の未来、人類がマグマエネルギーを集中的に採掘したことで、地球は荒涼たる不毛の地と化した。生き残るために、社会はプランテーションと呼ばれる巨大な要塞化された移動都市に閉じこもり、そこで大人たちはAPE、すなわち「パパ」として知られる権威主義的な指導部の命令のもと、不老でありながら感情のない生活を送っている。この存在に対する最大の脅威は、人類が消費するのと同じエネルギーに引き寄せられる巨大生物、叫竜(キョクリュウ)である。彼らと戦うため、子供たちは実験室で人工的に創られ、名前も外の世界の知識も奪われ、フランキス――少年(スチューメン)と少女(ピスティル)の完璧な神経と感情の同期を必要とする巨大ロボット――を操縦するために創られた「パラサイト」として厳格に仕えている。

物語は、かつては天才パイロットであったがパートナーとの同期能力を失い、システムにとって無用の存在となった少年ヒロを追う。彼の現実は、角を持ち叫竜の血を引くエリートパイロット、ゼロツーと出会ったことで大きく変わる。彼女は3回の出撃でパートナーの生命力を吸い尽くすという致命的な評判で知られていた。彼らがストレリチアと呼ばれるフランキスでチームを組むと、ヒロは自分だけが死なずに彼女と操縦できる唯一の存在であることを知る。若者たちの部隊が過酷な戦いに直面し、より自立した生活を送り始めるにつれて、子供たちは愛、生殖、個性といったこれまで禁じられていた人間の感情を発見し始める。ヒロとゼロツーの絆は次第に、彼らの過去、叫竜の真のそして恐ろしい本性、そして人類の指導者たちの真の意図に関する暗い秘密を明らかにしていき、地球の運命をかけた宇宙規模の戦いへと culminating する。