高校生の一団が、腐敗した大人たちの犯罪を暴くために自警団を結成するが、やがて世界規模の陰謀の渦中に巻き込まれ、彼らを黙らせるためなら何でもする強力な者たちから狙われることになる。

最終的に、怪盗団は自分たちの認識に合うよう日々の世界を変え、奴隷制を終わらせ、現代社会がまとう仮面を見抜こうとする。さまざまなペルソナ──本シリーズの特徴的な要素は「ペルソナ」の使用であり、それは人の精神と潜在意識の物理的な顕現であり、戦闘に用いられる。人々の潜在意識、すなわちメタバースを救うために、アプリを使って彼らを異なる次元へと転送する。ペルソナ5におけるメタバースは、すべての戦闘が行われる場所である。現実世界のほとんどの人々はこの領域を認識しておらず、これらの「世界」はゲーム内で「パレス」と呼ばれている。パレスはすべて、個人の潜在意識を物理的に表現したものとして機能する。