西暦3004年、ヘリオコア以後503年。

第一次宇宙戦争の決着後、赤い惑星マルスの周辺のコロニーは、凍結した惑星の核に再び火を灯す技術の開発に力を注いだ。研究はフォボスとデイモスのコロニーに集中し、100年にも及ぶ研究の末、マルスの凍った核を再点火する技術を完成させた。それは「ミラクル・シード(Miracle Seed)」と名付けられた、それまで不可能と見なされていた任務に必要な資源を収めたカプセルであった。このカプセルはオリンポス山に投下され、数分のうちに火山を活性化させ、核を取り巻く氷を溶かして覚醒させた。こうして赤い惑星のテラフォーミングがついに始まった。幾多の地質活動を経て、コロニーと地球の世界政府は惑星への入植を開始し、最初の都市を築いた。その後の数年で全てが急速に発展し、結果としてマルスは経済、社会、そして発展のあらゆる面で地球を凌駕するに至った。しかし、この繁栄は地球の政府の首脳たちを不快にさせた。彼らはマルスの繁栄を自らの主権への脅威と見なし、さらにマルス人が彼らからの離脱を検討し始めたことで、その鉄の支配を失うまいとした。彼らは密かに赤い惑星に問題を引き起こし、そのことでマルスの住民と、そこにいる傀儡政府との間に緊張が生まれた。匿名の人々のグループが、惑星の問題は地球の政府によって引き起こされていることを突き止めた。しかし、警告を発し証拠を示そうとするたびに彼らは検閲され、追われ、そして「不可解に」死んでいった。これにより時間とともにマルス内部の分裂はさらに深まり、ついには内戦へと発展した。二つの派閥が形成された。一つは、地球の干渉なしに自由に発展し繁栄することを望み、「テロリズムと反民主的行為」という口実のもとで彼らが犯した罪を暴こうとする分離派。もう一つは、地球と傀儡政府との結びつきを維持しようとするマルスの親グローバル派である。この内戦にコロニーは関与していない。上層部から、地球側との問題、そしてマルス人との間のことはすべて当事者同士に任せるよう命じられているからだ。戦争はすでに約3年続いているが、何も決着はついていない。ただ、犠牲者の増加に伴い、双方はどこからでも傭兵部隊を雇い入れ、彼らに法外な報酬と契約を提示するようになっている。あなたはこの内戦で戦う傭兵の一人であり、あなたのチーム、S.T.P.E(Scavengers、Trackers、Protectors、Executors の略)によって開発された、QPZX-20A という名のメカ「ヘクセン(Hexen)」を操縦している。あなたは赤い惑星の自由のために戦うのか、それとも支配のために戦うのか?あるいは、ただ利益と自分自身の目的のためだけに戦うのか?