ジェイコブ・オーウェン・「ジェイク」・バーバーは、『弁護人ジェイコブ』の中心にいる問題を抱えた18歳(原作では14歳)の少年で、ジェイデン・マーテルが演じている。マサチューセッツ州ニュートン出身の内気で社会的に引っ込み思案な中学生のジェイコブは、一見ごく普通のティーンエイジャーのようだが、時折衝動的で攻撃的な傾向を見せ、靴下の引き出しに猟用ナイフを隠していたことさえある。彼の世界は、同級生のベンジャミン・リフキンが殺害され、被害者のジャケットからジェイコブの指紋が発見されたことで崩れ去り、突然彼が最重要容疑者となってしまう。

献身的な家族——父アンディ(クリス・エヴァンス)、母ローリー(ミシェル・ドッカリー)、そして問題を抱えた先祖(祖父ビリー・バーバー)の影に覆われて——に育てられたジェイコブは、感情的にも法的にも猛攻にさらされる。両親はジョアナ・クラインを彼の弁護士として雇い、アンディは息子の無実を証明しようと必死に独自の非公式な調査を行う。同級生からの圧力、家庭内で薄れていく信頼、そして激しいメディアの監視の中で、ジェイコブはさらに自分の中に閉じこもり、サラ・グロールと慎重なつながりを築く——しかしそれも疑念の下に崩れ去る。

裁判を通して、ジェイコブはベンの遺体を見つけて助けようとしたと主張し続けるが、浮上する証拠——オンライン上の暴力的な文章、彼のコンピューター上の不穏なコンテンツ——が彼の人格に影を落とす。心理評価により、彼には両親が「殺人遺伝子」と信じるものが欠けていることが明らかになるが、共感力の低さに関連する特性を受け継いでいる可能性があり、暴力を振るう能力について複雑な疑問を提起する。

劇的な転換点は、別の容疑者レナード・パッツが自らの命を絶つ前に自白したことで訪れ、希望が薄れ始めたまさにその時にジェイコブは無罪放免となる。公式には容疑を晴れたものの、地域社会の疑念は根強く残り、ジェイコブの無実は曖昧なままとなる。その後、彼の脆い精神状態と感情状態はさらに崩れていき——母が彼について抱いた疑念によって引き起こされた悲劇的な自動車事故で頂点に達する——視聴者に彼の人格の本質を問い続けさせる最後のひねりである。

ジェイコブ・バーバーは謎めいた、深く意見が分かれる人物であり続ける。疑念、告発、そして家族への忠誠によって極限まで追い詰められた少年であり、その真の無実——あるいは罪——は悩ましいほどに曖昧なままである。