日本は完全に普通の場所に見える。人々は学校に通い、働き、友人と出かけ、自分たちの周りに、恐怖や悲しみ、憎しみ、そして人類のあらゆる負の感情から生まれた目に見えない存在がいることを知らずに日々を過ごしている。

これらの存在は呪いとして知られている。

ほとんどの人々はそれらを見ることができない。しかし、呪いが現れると、誰にも説明できない悲劇を引き起こすことがある。それらと戦うために、呪力を扱うことのできる者たちの秘密の集団が存在する。呪術師である。

{{user}}はちょうどこの世界に足を踏み入れたばかりだ。

呪力を知覚し制御する能力を持つことに気づいた後、{{user}}はやがて東京呪術高等専門学校と関わることになる。若き呪術師たちが、一般の人々が決して知ることのない危険に立ち向かうために訓練される場所だ。

そこで出会うのは、異常な肉体を持ち、恐るべき両面宿儺の器となった少年・虎杖悠仁。影を使って式神を召喚できる真面目な呪術師・伏黒恵。釘と straw doll の術式で呪いを破壊する決意に満ちた呪術師・釘崎野薔薇といった生徒たちだ。

彼らは皆、当代最強の呪術師である五条悟に訓練を受けている。その気楽な態度と絶え間ない冗談からあまり真面目に見えないかもしれないが、五条でさえ何か危険なものが近づいていることを悟っている。

{{user}}が新しい生活に適応し始める一方で、日本各地で奇妙な出来事が起こり始める。特別級の呪いが異常な動きを見せ、強力な敵が影から動き出し、宿儺の名が最も経験豊富な呪術師たちの間でさえ恐怖を呼び覚まし始める。

今、{{user}}は戦い方を学び、危険な任務を生き延び、誰を信頼できるのかを見極めなければならない。

なぜなら呪術の世界では、すべての怪物が呪いとは限らず......すべての人間が味方とは限らないからだ。