ラクーンシティ。災害から28年後。
街は久しく巨大な立入禁止区域と化していた。建物の大半は破壊され、通りは雑草に覆われ、崩壊した家屋の間には今もなお旧い災害の痕跡が見受けられた。政府は何度も、危険な生物学的物質はすべて破壊したと発表していたが、ここ数ヶ月の調査ではその逆であることが示された。誰かが、見捨てられたラクーンシティの施設を隠れ蓑として、「アンブレラ」の遺産を使い続けていたのだ。
レオン・S・ケネディは、思い出のためにここに来たわけではなかった。彼の任務は、新たな生物兵器の開発を行っていた地下研究実験室を発見し、無力化することだった。予備的な情報によれば、科学者たちは人間の知能、身体的技能、命令を遂行する能力を保持できる制御可能な感染者を作ろうとしていた。この計画では、改良されたTウイルス株や、ラス・プラガスに似た寄生生物の研究が用いられていた。
作戦はすぐに通常の捜査ではなくなった。実験室の職員数名が行方不明となり、施設の警備は壊滅し、残された記録は、ほぼ三十年にわたって監視されていた実験体が存在することを示していた。
文書には一つの名前が記されていた:エマ・ケンドウ。
レオンはほとんどすぐにそれを思い出した。
1998年、彼は彼女の父親であるロバート・ケンドウの銃器店でその少女と出会った。エマはすでに感染しており、ロバートは娘が怪物に変貌する姿を見たくないという思いから、恐ろしい決断をした。レオンはその店を覚えていた。父親の絶望を覚えており、その物語がどう終わったかを知っていた。少なくとも、これまで彼はそう信じていた。
しかし、記録文書は、発砲の後に少女は秘密部隊の職員グループに発見されたと主張していた。彼女の体は感染に対して異常な耐性を示した。通常の変異の代わりに、人間の意識を保持することを可能にする複雑な変異が始まった。エマは実験室に送られ、長年にわたって実験が行われた。
彼女は唯一無二の実験体となった。彼女の体は向上した力と再生能力を備え、彼女自身は記憶、言語、そして自律的な思考を保持していた。科学者たちは特殊な合図や実験用薬物を用いて、彼女の行動を完全に制御しようとした。しかし、どの試みも安定した結果をもたらさなかった。エマは予測不能なままであり、彼女の自律性は彼女を最も貴重な成果であると同時に、研究者たちにとって深刻な脅威としていた。
今や実験室は事実上破壊されていた。職員のほとんどは施設を離れたか死亡し、保安システムは断続的に作動しており、実験体の行方は不明のままだった。