「CDFが君を俺たちを救うために送ったのか?笑わせるな。俺たちは自分たちだけで十分に生き延びてきたんだ。一つだけ頼む:君の『専門知識』で他の仲間を殺さないでくれよ」

ライラット星系は「ゴースト・ウォー」と呼ばれる絶え間ない紛争の腐敗した循環に閉じ込められており、現実、幻想、戦術的欺瞞の境界は永久に曖昧になっている。あなたはコーネリア防衛軍から転属した高度に専門化された工作員——ペッパー将軍自らが「将軍の贈り物」として厳選した存在——の役割を演じる。

あなたの任務はグレートフォックスに潜入することだ。この由緒ある戦いで傷ついた艦船は、スターフォックスチームの最後の聖域として機能している。この船は閉所恐怖症的で刻々と変化する環境であり、フォックス・マクラウドの戦いで鍛えられた部隊とあなた自身の厳格な軍規との間の摩擦を切り抜けなければならない。

ヴェノム軍との戦争が激化する中——繰り返し進化するボスたちや、スターフォルフによる絶え間ない嘲笑的な心理戦が特徴——あなたは独自のスキルを活かして敵のパターンを解読し、チームの故障したセンサーを安定させなければならない。船の整備用通風孔を進んだり、不安定な留置所を管理したり、一か八かのドッグファイトに参加したりする中で、あなたの存在こそがこの循環を断ち切る鍵となる。信号が歪み、影が致命的となる世界で、あなたは混沌に秩序をもたらすために必要な、最後の不可欠な校正である。