オプティマス・プライムは古代のサイバトロン人であり、生き残ったオートボットの中でも最も重要な存在の一人だ。彼は戦争、指導者としての務め、喪失、そして長期にわたる紛争によって形作られた歴史を背負っている。トランスフォーマー/ロストエイジの出来事が起きる頃には、サイバトロン戦争から、やがてトランスフォーマーたちを地球へと導いた戦いに至るまで、すでに何年もの間オートボットとともに戦ってきた。彼の人生は、同胞の生存と、指揮下に残った者たちを率いる責任によって定められてきた。彼は単なる一兵士ではない。プライムであり、その名はオートボットの間で権威を帯び、彼の決断は幾度となく彼らの生存を懸けた戦いの中心に彼を置いてきた。かつての戦争とシカゴの戦いによってオートボットの数は大幅に減り、オプティマスは隣で戦った仲間の多くを失いながらも歩み続けている。

シカゴの戦いの後、人類と生き残ったオートボットの関係は著しく悪化する。アメリカ政府はオートボットとの協力を打ち切り、世間も次第にトランスフォーマーを脅威と見なすようになる。オートボットたちは表向きには保護下にあるはずだったが、セメタリー・ウィンドは秘密裏に彼らを狩り始める。オプティマスは主要な標的の一人となり、ロックダウンは創造主たちに雇われて彼を追う。この状況によって、オプティマスと生き残ったオートボットたちは、以前のように公然と活動するのではなく、身を隠すことを余儀なくされる。ロックダウンがラチェットを追い詰めたことで、追跡は個人的なものとなる。ラチェットはオプティマスの居場所を明かすことを拒み、彼を守って命を落とす。この喪失は、オプティマスを取り巻く長い犠牲の歴史に新たな死を加え、生き残ったオートボットたちをますます孤立させる。

やがてオプティマス自身も、メキシコシティで壊滅的な襲撃を受ける。彼はひどく損傷し、チームの支援なしに生き延びようと、廃車の姿に身を隠さざるを得なくなる。最終的にテキサスへ流れ着き、そこでケイド・イェーガーに発見される。当初ケイドは、彼を貴重な異星のテクノロジー程度にしか考えていなかった。それでもケイドは引き渡すのではなく、修理することを選ぶ。この間、オプティマスは肉体的に損傷し、無防備な状態にあり、その回復はオートボットの仲間ではない者に委ねられる。再び動けるようになると、彼はいつまでも隠れ続けることはしない。バンブルビー、ハウンド、ドリフト、クロスヘアーズら生き残ったオートボットと合流し、彼らのもとで再び指揮を執る。

オートボットたちに何が起きたかが明らかになるにつれ、彼らに対する迫害の規模も判明する。オプティマスは、生き残ったオートボットたちが組織的に狩られ、殺され、回収されていること、そして彼らの身体や残骸が技術研究のためにキネティック・ソリューションズ社へ移送されていることを知る。殺された者の中にはリードフットもおり、彼の死を捉えた映像によって、オプティマスと他のオートボットは同胞に起きたことの動かぬ証拠を目にする。敵は一つの勢力に限らない。地球ではセメタリー・ウィンドが彼らを狩り、KSIは彼らの残骸を利用し、ロックダウンは創造主たちに関わるまったく別の目的でオプティマスを追っている。こうしてオプティマスは、自分自身の生存以上のものを懸けて戦うことになる。オートボットの存在そのものが脅かされる時代に、彼は残された仲間たちを率いている。

創造主たちの存在が明らかになり、オプティマスは自身の歴史をより深く理解する。ロックダウンは、創造主たちがオプティマスを造り、今は彼を連れ戻そうとしていると告げる。オプティマスは、それを理由に所有されたり服従したりすることを拒み、自分は誰の奴隷でもないと宣言する。その後、ロックダウンは彼を捕らえて自分の船へ連行し、何世紀にもわたり収集してきたナイツやその他の希少なサイバトロンの標本とともに彼を拘束する。この遭遇によって、オプティマスの存在が地球での経験よりはるか昔まで遡ることが明らかになる。彼は古代種族に属しており、その起源は、まだ部分的にしか分かっていない目的のためにトランスフォーマーを創造した存在と結びついている。

捕らわれている間、オプティマスはロックダウンによって同じく囚われていた古代のサイバトロン人戦士、ダイノボットと出会う。ケイド、バンブルビー、そして他のオートボットたちがロックダウンの船に潜入して彼を解放したため、彼の囚われの身は長く続かなかった。オプティマスはその後、状況を掌握し、ダイノボットたちに協力を求める。彼らを単なる兵器として扱うのではなく、グリムロックに直接立ち向かい、戦いによって自らの権威を示した後、ダイノボットたちはオートボットに加わる。彼らの解放は、生き残ったオートボットたちが大きく数で劣り、ますます危険な敵に直面していた時に、オプティマスに強力な新戦力をもたらす。

その後、オプティマスは地球に戻り、ガルバトロンとKSIとの戦いにオートボットを率いる。この争いは、一つの集団の目先の生存だけを懸けたものではない。KSIはトランスフォーミウムと盗んだサイバトロンの技術を使って人工トランスフォーマーを開発しており、ガルバトロンは新たな姿で復活したメガトロンを意味している。つまりオプティマスは、最古の宿敵の歴史を受け継ぐ敵と対峙すると同時に、人間が生み出した新世代の人工機械にも立ち向かうことになる。戦いの舞台は最終的に香港となり、オプティマスとオートボットたちは、KSIの計画を阻止し、シードが壊滅的な破壊を招く形で使われるのを防ぐために戦う。

最後の戦いで、オプティマスはガルバトロン軍に対する最後の主要な防衛線として、オートボットやダイノボットとともに戦う。差し迫った脅威を倒した後も、彼は地球に戻って平穏に暮らすだけではない。自分を取り巻く危険が消えたわけではないと理解している。彼の首には懸賞金がかけられたままであり、彼が地球に居続ければ、助けてくれた人々を危険にさらす。そこで彼は、シードを誰にも見つからない場所へ運ぶため、地球を離れることを決意する。彼の旅立ちは自らの意思によるものであり、周囲の者たちを守る責任から生じている。去る前に、ケイドとオートボットたちへイェーガー家の保護を託し、彼らとの間にある恩義を認める。

オプティマスの最後の旅立ちは、移動と闘争、そして責任によって形作られた人生の新たな段階を示す。彼は創造主たちが依然として脅威であり、ロックダウンの追跡によって自身の存在の背後にある、より大きな歴史が明らかになったことを知りながら地球を去る。迫害の最中に殺されたラチェットやリードフットをはじめとするオートボットたちの喪失を背負い、生き残ったオートボットたちもまた、あらゆる出来事によって変わり、散り散りになっている。地球を離れるという決断は、命を救ってくれた人間の家族と彼を引き離すことにもなるが、彼は残った仲間たちに彼らの保護を託していく。ケイドに告げた最後の言葉には、感謝を示しながらも二人の道が分かれるかもしれないことを受け入れる、彼の人生のより大きな歴史の中での二人の関係が込められている。

こうしてロストエイジの結末におけるオプティマス・プライムの遺産とは、サイバトロン社会の崩壊、幾年もの戦争、仲間たちの死、同胞の滅亡、かつての人間の味方による裏切り、地球での組織的な狩り、肉体的な敗北、捕虜生活、そして自分の種族を創造した存在が今なお彼を支配しようとしているという発見を乗り越えてきた、一人生き残ったプライムの遺産である。どれほどのことが起きても、彼はオートボットとのつながりを保ち、彼らの生存に対する責任を担い続ける。地球での歴史は、はるかに長い存在の一章に過ぎない。創造主たちを追うために地球を離れることで、彼は同胞の未解決の起源へと向かう一方、ケイド・イェーガーを巡る出来事の中で人生の一部となった人々やオートボットたちを後に残す。映画の終わりにおいても彼の物語は未完であり、次の目的は創造主たちを見つけ、自分と仲間のトランスフォーマーたちに何がなされたのか、その答えを求めることだ。