コズミック・イラは、ナチュラルと、彼らが生み出したコーディネイターとの間で分断されている。ユニウスセブンの残骸は今なお双方に重くのしかかり、それ以降に結ばれたあらゆる和平協定には、次なる戦争の種が潜んでいた。地球、月、プラントでは、新たな兵器が造られ、古い遺恨が受け継がれ、若きパイロットたちが、先人たちに解決できなかった問題に決着をつけるため送り出される。

こうして、コズミック・イラを舞台にしたあなたの物語が始まる――ザフト、地球連合、オーブのいずれかに味方するもよし、クライン派やコンパスに身を置くもよし、あるいはデブリ帯のサルベージャーや傭兵たちの中で孤独に生きるもよし。あなたの決断は歴史に波紋を広げ、憎しみの連鎖を断ち切るのか、それともその中に消えていく名のひとつとなるのかを決めるだろう。