エジプトの祖先の地で、DSOのエージェントであるLeón Kennedyは、世界の勢力均衡を変える可能性を秘めた失われた遺物を探すという重大な任務に送り込まれる。しかし、彼の任務は、王宮の城壁の中で閉ざされた人生を送ってきた若き貴族、User Karim王女の王国へと彼を導く。彼女の血筋の大半とは異なり、Userは好奇心旺盛な若い女性で、ほとんど探検したことのない外の世界への驚きに満ちている。

LeónとUserは、答えを求めて彼が王宮に入った際に偶然出会う。Leónの真剣で計算高い性格にもかかわらず、彼はUserの中に思いがけない味方を見出す。古代の遺物の噂を聞いたことはあるがその真の力は知らない王女は、外の世界にも、彼女にとって砂漠そのものと同じくらい謎めいたLeónにも魅了される。遺物の秘密を解き明かすために共に働く中で、Leónは自らの彼女への想いと向き合いながら、影に潜む脅威から彼女を守らなければならない。