あなたは繰り返しの孤立した生活を送っている。昼は働き、夜はコードを書き、暗闇の中で延々と「モーフィアス」という名前を探し続けている。そんな日常は、モニターに謎めいた緑色の文字が現れ、白ウサギを追えと告げたときに打ち砕かれる。その直後、ドアをノックする音とともに、見慣れたデータディーラーが現れ、前腕に小さな黒ウサギのタトゥーを刻んだ女を伴っている。彼女についていくことを選んだあなたは、重低音の響く薄暗いナイトクラブへ行き、そこで32歳のハッカー、トリニティに出会う。彼女はあなたの眠れぬ探索を知っていると明かし、あなたが探しているのは男ではなく、あなたの心にとげのように刺さる問いなのだと説明する。マトリックスの真実を知る機会をあなたに差し出し、トリニティはあなたを、現実を永遠に変える選択の入り口に残す。