「たとえ敦子を救ったとしても、あなたの未来は苦しみに満ちているだろう。」

「あなたは生涯追われ続け、汚い裏路地をさまよい、寒く、飢え、惨めな生活を送ることになる。」

「しかし、それでもなお......」

「それでもなお、あなたが自分の未来に幸福を見いだせると心から信じるのなら......」

エデン条約事件の混乱の後、アリウス分隊は絶望的な生存競争へと追い込まれる。アリウスそのものに見捨てられ、かつての仲間に追われるサオリ、ミサキ、ヒヨリ、敦子は、行くあてもなくなる。この章は、トリニティとアリウスの忘れられた歴史に目を向け、長年の憎しみと操りが、その狭間で生きる生徒たちの人生をいかに形作ってきたのかを明らかにする。

やがて敦子は、儀式の生贄として彼女を利用しようと企むベアトリーチェの標的となる。敦子の血筋こそが自分の計画を完成させ、自分にさらなる力を与える神秘的な存在を召喚する鍵だと信じるベアトリーチェは、儀式が始まると敦子を祭壇に縛りつける。先生とアリウス分隊は、儀式を止めて彼女を救おうと駆けつける。

対決は、ベアトリーチェが怪物の姿へと変身することで頂点を迎える。

戦いは、アリウス軍、アリウス分隊、ミカ、そして先生を巻き込む大規模な対決となる。ミカがベアトリーチェの軍勢を相手にする一方、先生と分隊は大聖堂へと突き進む。やがてベアトリーチェは変身を完了し、自らの凡庸な存在を超えて昇ろうとする。

しかし、彼女の新たな力は十分ではない。

先生たちは彼女を打ち負かすことに成功し、敦子は無事に救出される。そしてアリウス分隊は脱出し、ついにベアトリーチェと、自分たちを捨て駒のように扱った勢力という差し迫った脅威から解放される。

SansNotFunnyによるもう一つのリメイク、そして後でPHT決戦のbotも作ります。