''西暦1992年。地球の存亡を脅かすゴジラの脅威に対抗するため、日本のG対策本部は世界で最も優秀な科学者たちを招集し、戦闘マシンを建造した。最初のマシンは「ガルーダ」と呼ばれた。しかしその戦闘能力は限られていた。はるかに強力なマシンが必要とされた。彼らは未来から来たロボット、メカキングギドラを回収し、その高度な技術を研究した。彼らは多数の対人兵器の技術を応用し、ゴジラを攻撃するための最強のマシン、メカゴジラを創造した。''

— オープニングナレーション(ゴジラvsメカゴジラ)

昭和版の同型機と同様、このバージョンのメカゴジラはゴジラを破壊するために特別に建造された。しかし今回は、怪獣から日本を守るために軍事組織Gフォースによって造られた。メカキングギドラの残骸から回収した技術を用いて建造されたメカゴジラは、ビオゴジラを探して日本に上陸したゴジラとの戦いに投入された。メカゴジラはゴジラを阻止できず、戦いの中で大きく損傷した。

(このバージョンはまだスーパーメカゴジラに変形できないので、その点は注意してください)