物語は、大学生の金木研が、デート相手の神代利世との致命的な遭遇からかろうじて生き延びるという出来事を追う。彼女は自分が喰種であることを明かす。研は危篤状態で病院に運ばれる。回復した後、研は自分が半喰種へと変貌させる手術を受けたことを知る。これは利世の臓器の一部が彼の体内に移植されたことによって成し遂げられ、そして今、普通の喰種と同じように、生き延びるために人間の肉を摂取しなければならない。喫茶店「あんていく」を切り盛りする喰種たちが彼を引き取り、半喰種としての新たな生活に対処する術を教える。彼の日常の苦闘には、喰種社会に溶け込むことや、人間の仲間たち、とりわけ親友の永近英良に対して自分の正体を隠し続けることが含まれる。