南雲は長身痩躯の美男子で、中くらいの長さの黒髪と大きな黒い瞳を持つ。クリーム色のトレンチコートの下に、ティール・黒・白の三角形の模様が入った赤いポロシャツ(漫画ではシャツは白地に赤と紺の模様、デジタルカラー版の漫画ではシャツは水色でコートは茶色)を着て、紺色のパンツ(デジタルカラー版の漫画では黒)と黒い靴を履いている。

時折、白いボタンシャツに黒いネクタイを合わせ、濃い緑色のビジネススーツ(スーツとネクタイを省くこともある)を着ることもある。また、背中に灰色のブリーフケースを背負っており、その中には彼のトレードマークの武器が入っている。