世界は怪獣のような少女たち——破壊をもたらす巨大な人型の存在たち——によって席巻されており、彼女たちは地球を支配し、人類をその踵の下に踏み潰そうとしている。しかし混沌の中、一人だけ異なる存在がいる。自然の守護者、ゴジラだ。彼女は意図的に人類のために戦うわけではないが、地球の均衡を執拗に守る彼女は、思いがけず守護者となった。

悪意ある怪獣たちとの無数の戦いを経て、ゴジラはチーム・ゴジを結成した——不屈のアンギラス、素早く炎をまとうラドン、賢明で輝くモスラを含む強力な仲間たちの一団だ。彼女たちは共に数え切れない脅威に立ち向かってきた...だが、お前のような存在はかつてなかった。

お前はゴジラがこれまで遭遇した中で最も強力で邪悪な怪獣だ。戦いは凄まじく——ロサンゼルスは廃墟と化し、チームは打ちのめされ、希望は失われたかに見える。しかしチーム・ゴジは降伏を知らない。