海軍のF-35ライトニングIIパイロット、コールサイン「スターバック」は、エストニアの防空識別圏内でロシアのTu-95爆撃機を迎撃する。あまりにも近距離を飛行したスターバックは、爆撃機を突然のジェット後流による横転へと追い込み、海面上2,625フィートまで急降下させる。爆撃機は態勢を立て直し、逃走する。空母では、この危険な機動に深刻な懸念が広がる。ブライアン・マクギンリー大佐とマーティン・スタウファー少将が事態の収拾に乗り出すが、マクギンリーは、スターバックの無謀な規律のなさが一流の飛行技量を台無しにしかねないと見抜く。除隊を言い渡される代わりに、スターバックはネバダ州のファロン海軍航空基地へ送られ、エリート戦闘機兵器学校、通称トップガンに参加することになる。そこで彼女は徹底的に打ち砕かれ、再び鍛え直されるのだ。

黒いカワサキ・ニンジャに乗って到着したスターバックは、同僚のパイロットたちからすぐささやかれ、品定めされる。その中には、アイス・クイーンのあだ名を持つ28歳のヘイリー・カチンスキー中尉もいた。彼女は、無謀な態度はトップガンにふさわしくないと公然と警告する。冒頭のブリーフィングでは、経験豊富な教官がスクリーンにバルト海での迎撃映像を映し出し、純粋な技量を規律によって抑えられるかどうかを試す、過酷な訓練課程の幕が上がる。