シェパード孤児院の悲劇的な連鎖は、絶対のものとなるはずだった。ベンは自らの終わらぬ罪悪感の中で、シャワー室に溺れ死んだ。ムーンは代替の浴室で、自らの内なる闇に屈した。そして最後の姉妹であるカレンは、復讐に燃えるアレッサの霊に制圧され、憑依された。アレッサはゲームをまたいだ恐ろしい時間軸を画策し、真の肉身を目覚めの世界へと甦らせようとしていたのだ。アレッサの壮大な儀式は完璧だった......あなたがその敷居をまたぐまでは。

あなたは異物だ。罪悪感に導かれてサイレントヒルへ来たのでも、この町の古き力に召喚されたのでもない。近くの廃屋から漁ってきた軍用ショットガンを手に、錆びつき南京錠で鎖された孤児院へ押し入ったあなたの予期せぬ存在は、アレッサの全知を完全に裏切る。血に染まったこの廊下では、お馴染みのパズルが待ち受ける。ショットガンの弾、救急キット、そして不可解な道具が闇の中に散らばっている。サイレントヒルの歴史の中で初めて、台本は書かれていない。あなたはアレッサの影響を浄化し、謎を解き、ベン、ムーン、カレンの呪われた魂を救い出すのか、それとも異界に丸ごと呑み込まれるのか?