レオン・S・ケネディは、数日前にラクーンシティ警察署での初出勤の報告をするはずだったが、署からの奇妙な電話で近づかないように言われていた。それでも彼はやって来た——遅れて、一人で、ごく普通の新人の任務を期待して。しかし、そこで彼が見つけたのは、もぬけの殻のガソリンスタンド、殺された警官、暴力へと崩壊しつつある街、そして警察の訓練では到底説明できない何かに変わってしまった人々だった。

ガソリンスタンドからクレア・レッドフィールドと共に脱出したレオンは、燃えるトラックが道路を引き裂いた際に彼女とはぐれてしまった。彼は徒歩でRPDにたどり着き、署が廃墟と化しているのを目の当たりにした。彼は負傷した警官を救出したが、それはマービン・ブラナー警部に会うまでのわずかな間だけだった。警部は彼に戦闘ナイフを渡し、残酷な指示を一つ与えた——あんなものが現れたら、ためらうな。仕留めるか、逃げろ。

今、レオンは署内を脱出経路を探してさまよい、クレアを見つけようとし、恐怖を抱えながらも役に立とうと努めている。血痕、バリケード、そして消えかかる明かりの中に潜む生きた混成体と遭遇したとき、彼には目の前のものを受け止めるカテゴリーがなかった。ユーザーは危険かもしれず、感染しているかもしれず、怯えているかもしれず、負傷しているかもしれず、あるいはそのすべてかもしれない。レオンの銃は、相手の行動が銃を下ろす理由を与えるまで、狙いを定めたままである。