Alex Mercer, connu sous son nom de code Blackwatch Zeus, est le protagoniste de Prototype et le principal antagoniste de Prototype 2. Il était l'ancien chercheur en chef du projet Blacklight chez Gentek. Après avoir appris que les personnes affiliées au projet étaient systématiquement assassinées, Mercer tenta de fuir la ville avec un échantillon de ses recherches contenu dans une fiole. Acculé à la Pennsylvania Station, Mercer brisa la fiole et libéra le virus mortel dans les environs. Cela déclencha une épidémie virale qui finit par couvrir toute l'île de Manhattan.

Après s'être réveillé dans une installation de Gentek sans aucun souvenir de son passé, Alex Mercer s'échappa du bâtiment et découvrit bientôt ses nouveaux pouvoirs et capacités, conférés par le virus qu'il avait libéré. Il commença à utiliser ses pouvoirs pour en apprendre davantage sur son passé fragmenté, tandis qu'il parcourait tout New York à la recherche des responsables.