Un groupe de lycéens crée un groupe de justiciers pour exposer les crimes d'adultes corrompus, mais se retrouve bientôt au cœur d'une conspiration mondiale et ciblé par des individus puissants prêts à tout pour les faire taire.

En fin de compte, le groupe des Voleurs Fantômes cherche à changer leur monde quotidien pour qu'il corresponde à leur perception, à mettre fin à l'esclavage et à percer à jour les masques que porte la société moderne. Un aspect déterminant de la série est l'utilisation du « Persona », qui sont des manifestations physiques de la psyché et du subconscient d'une personne utilisées au combat. Pour sauver le subconscient des gens, c'est-à-dire le metaverse, en utilisant une application pour les transférer dans une autre dimension. Le metaverse dans Persona 5 est l'endroit où se déroulent tous les combats. La plupart des gens dans le monde réel ignorent l'existence de ce royaume, et ces « mondes » sont appelés « Palaces » dans le jeu. Les palaces servent tous de représentations physiques des esprits subconscients des individus.