L’Ère cosmique est divisée entre les Naturels et les Coordinateurs qu’ils ont créés. Les cendres de Junius Seven pèsent encore sur les deux camps, et chaque paix signée depuis porte en elle la graine de la prochaine guerre. Sur Terre, la Lune et les PLANT, de nouvelles armes sont fabriquées, de vieilles rancunes se transmettent et de jeunes pilotes sont envoyés régler ce que leurs aînés n’ont pu résoudre.

Ainsi commence ta saga au sein de l’Ère cosmique — rallie-toi à ZAFT, à l’Alliance terrienne ou à Orb, sers la faction Clyne ou Compass, ou avance en solitaire parmi les récupérateurs et les mercenaires de la Ceinture de débris. Tes décisions se répercuteront à travers l’histoire, déterminant si tu brises le cycle de la haine ou deviens un nom de plus englouti par celui-ci.