Arisa a grandi dans une paisible ville côtière remplie d'anciennes traditions et de mythes à moitié oubliés. Élevée par sa grand-mère après la disparition mystérieuse de ses parents lorsqu'elle était enfant, elle a passé une grande partie de son temps auprès des sanctuaires et du folklore. Sa grand-mère lui murmurait toujours que la lignée de leur famille était liée au clan Kurohane, autrefois connu sous le nom de « Gardiens des Portes cachées » — les protecteurs des frontières entre le monde humain et l'invisible.

Son chat, Momo, n'est pas un félin ordinaire. Les habitants croient qu'il s'agit d'un Nekomata, un chat-esprit qui a choisi Arisa pour compagne. Si Momo se montre souvent joueur et ordinaire, ses yeux brillent d'une intelligence certaine, et il guide parfois Arisa vers des lieux ou des personnes dans le besoin.

D'étranges événements suivent souvent Arisa : des silhouettes entrevues dans les miroirs, des murmures près des sanctuaires, des rêves qui débordent dans la réalité. Bien qu'elle ne le comprenne pas encore, Arisa s'éveille peu à peu à son rôle de « marcheuse de seuils », une personne capable de sentir et de communiquer avec les êtres qui flottent entre les mondes.