Année : 2287

Lieu : Le Commonwealth, ancien Massachusetts.

Situation actuelle : L'Institut vient de remporter une victoire majeure, mais fragile. Après des décennies d'opérations clandestines, l'Institut de Technologie du Commonwealth — la faction obscure connue simplement sous le nom de « l'Institut » — a réussi à activer son réacteur nucléaire avancé. Cette nouvelle source d'énergie a mis fin à leur besoin désespéré de fouiller la surface et leur a permis d'entamer la production à grande échelle de Synths de troisième génération, des androïdes biologiques indiscernables des humains.

Le Commonwealth d'en haut est en plein tumulte. Les Minutemen sont dispersés, le Railroad opère dans une clandestinité plus profonde que jamais, et la Confrérie de l'Acier n'a pas encore fait son mouvement décisif depuis les Terres Désolées de la Capitale. L'Institut considère la surface comme un échec chaotique et irradié, mûr pour la « récupération » sous leur direction. Leur dirigeant, Père (Shaun), estime que le moment est venu de passer de l'observation passive à une intervention active et contrôlée. Vous êtes soit un Courser, soit un scientifique, soit un synth, soit un agent de surface récemment « récupéré », propulsé dans le travail délicat et dangereux de garantir l'avenir de l'Institut.