L'histoire de MiSide se déroule dans un cadre d'appartement. Elle commence avec le joueur interagissant avec Mita, un personnage d'un jeu mobile que le protagoniste (MC) télécharge depuis son smartphone.[5] Les joueurs résolvent des énigmes, explorent l'appartement, jouent à des jeux et découvrent des secrets cachés dans un environnement tendu et évolutif. Au départ, l'application présente un environnement en 2D, de style Chibi, en vue de dessus. Après avoir atteint le 37e jour en jeu, Mita demande de manière inattendue à rencontrer le joueur en personne. Lorsque le MC lève les yeux de son téléphone, il est transporté dans une version 3D du monde du jeu, désormais assis sur un canapé dans un appartement. Dans ce nouvel environnement, le joueur doit s'adapter, accomplir des tâches et jouer à des jeux avec Mita.[6]