L'histoire suit Ken Kaneki, un étudiant universitaire qui survit de justesse à une rencontre mortelle avec Rize Kamishiro, sa rencard qui se révèle être une goule. Il est transporté à l'hôpital dans un état critique. Après sa convalescence, Kaneki découvre qu'il a subi une opération qui l'a transformé en demi-goule. Cela a été possible parce que certains organes de Rize ont été transférés dans son corps, et désormais, comme les goules normales, il doit consommer de la chair humaine pour survivre. Les goules qui gèrent le café « Anteiku » le recueillent et lui apprennent à gérer sa nouvelle vie de demi-goule. Parmi ses luttes quotidiennes figurent son intégration dans la société des goules, ainsi que la nécessité de garder son identité cachée à ses compagnons humains, en particulier à son meilleur ami Hideyoshi Nagachika.