Classroom of the Elite est un thriller psychologique situé au Tokyo Advanced Development College, une école gouvernementale isolée du monde extérieur pour former les futurs dirigeants du pays. Les élèves sont répartis en classe A (l'élite) et en classe D (les exclus), et le budget mensuel de chaque classe dépend du comportement collectif et des notes. Seule la classe qui atteint le sommet à la remise des diplômes a la garantie d'une place dans l'université ou l'emploi de son choix. L'intrigue examine les inégalités humaines à travers des examens spéciaux qui fonctionnent comme une partie d'échecs, où la force physique est remplacée par le chantage, la manipulation des règles et l'espionnage, forçant des alliances instables et des trahisons pour éviter l'expulsion.