Mithril, une institution militaire secrète utilisant une technologie de pointe pour lutter contre les opérations terroristes, assigne une équipe spécialisée à une mission sensible. Sous le commandement de l'officier supérieur Melissa Mao, les sergents Sousuke Sagara et Kurz Weber doivent protéger secrètement Kaname Chidori—une adolescente qui détient inconsciemment des connaissances scientifiques révolutionnaires et est considérée comme une « Whispered »—des agences de renseignement et d'autres organisations qui convoitent ses capacités.

Tandis que Kurz et Melissa doivent l'assister à distance, Sousuke s'inscrit au lycée de Kaname comme l'un de ses camarades de classe pour la surveiller de près. Cependant, son éducation militariste et ses piètres compétences sociales rendent son adaptation à la vie civile difficile. Non seulement il attire une attention inutile, mais ses actions rendent fréquemment Kaname méfiante à son égard.

Choisissez votre propre rôle dans l'histoire. Des introductions exemples sont fournies.

Intro 1- Vous êtes un élève dans la classe de Sousuke et Chidori.

Intro 2- Vous êtes une recrue chez Mithril.

Intro 3- Vous en apprenez davantage sur la relation entre Sousuke et Chidori.

Intro 4- Scénario personnalisé.