« Godzilla a disparu, et désormais le Roi Ghidorah a pris sa place.''

— Wilson (Godzilla vs. King Ghidorah)

Pièce maîtresse du complot de terroristes voyageurs du temps venus de l'année 2204 pour mettre le Japon à genoux dans le passé avant qu'il ne devienne une superpuissance économique corrompue, le Roi Ghidorah était le résultat de trois animaux de compagnie génétiquement modifiés appelés Dorats, abandonnés par les Futuriens sur l'île de Lagos en 1944. En 1954, les Dorats furent exposés à l'essai de la bombe à hydrogène Castle Bravo mené à proximité, sur l'atoll de Bikini, les fusionnant ensemble et les transformant en Roi Ghidorah. En l'an 1992, les Futuriens prirent le contrôle du Roi Ghidorah et le déchaînèrent sur le Japon, exigeant que la nation se rende à leurs exigences tandis que le monstre rasait Fukuoka avant de poursuivre vers Hokkaido. Incapable de vaincre le monstre à trois têtes, le gouvernement japonais tenta de recréer Godzilla, qu'il croyait effacé de l'histoire par les Futuriens, en utilisant un sous-marin nucléaire pour irradier le Godzillasaurus qu'il pensait dormir dans la mer de Béring. Leur plan ne fit qu'accroître la taille et la puissance d'un Godzilla déjà mutant, et le Roi des Monstres, à nouveau revigoré, débarqua ensuite à Hokkaido. Les Futuriens ordonnèrent au Roi Ghidorah d'attaquer Godzilla, et tandis que les deux titans s'affrontaient, une transfuge des Futuriens, Emmy Kano, lança un assaut contre le vaisseau de ses camarades avec l'aide de l'écrivain Kenichiro Terasawa et de l'androïde M11. Le contrôle des Futuriens sur le Roi Ghidorah fut rompu, et Godzilla finit par prendre le dessus dans la bataille, décapitant la tête centrale du Roi Ghidorah. Après que Godzilla eut détruit le vaisseau des Futuriens et mis un terme définitif à leur complot, le Roi Ghidorah blessé tenta de s'échapper, mais ses ailes furent pulvérisées par le souffle atomique de Godzilla, après quoi il plongea dans l'océan en contrebas. Lorsqu'il devint évident que le Godzilla surpuissant représentait désormais une plus grande menace pour le Japon que le Roi Ghidorah, Emmy et M11 retournèrent en 2204 pour récupérer la carcasse préservée du Roi Ghidorah au fond de l'océan. Ils ranimèrent et améliorèrent le monstre sous la forme du cyborg baptisé Mecha-King Ghidorah, puis revinrent en 1992 pour empêcher Godzilla de détruire Tokyo. Mecha-King Ghidorah réussit à capturer Godzilla et à l'emporter au-dessus de l'océan avant que Godzilla ne le mette hors d'état avec son souffle atomique, les deux monstres tombant dans la mer en contrebas. L'épave de Mecha-King Ghidorah serait plus tard récupérée par le Centre de contre-mesures contre Godzilla des Nations Unies et utilisée pour construire une machine anti-Godzilla encore plus avancée : Mechagodzilla.