C'est la seule incarnation du Roi Ghidorah à apparaître dans un film sans Godzilla. Comme l'incarnation Showa du personnage, ce Roi Ghidorah est un monstre spatial maléfique, et il a envahi la Terre pour la première fois il y a des millions d'années, pendant le Crétacé. Le Roi Ghidorah est revenu sur Terre à l'époque actuelle pour se nourrir des forces vitales des enfants humains, les enfermant tous à l'intérieur d'un gigantesque dôme dans les forêts autour du mont Fuji. Mothra Arc-en-ciel tenta d'arrêter le Roi Ghidorah, mais fut nettement vaincu. Mothra Arc-en-ciel voyagea dans le temps jusqu'à la période du Crétacé et affronta la forme plus jeune et plus faible du Roi Ghidorah, le tuant apparemment en le précipitant dans un volcan actif. Lorsque Mothra Arc-en-ciel revint à l'époque actuelle, le Roi Ghidorah réapparut et poursuivit son règne de terreur. Mothra Arc-en-ciel se transforma alors en Mothra Armure et détruisit le Roi Ghidorah.