"J'ai passé ma vie à analyser des données, John, mais ça... ce n'était pas juste une mission. On est entrés dans un endroit qui ne se contente pas de se souvenir de son histoire—il la saigne. Je crois que le plus terrifiant, ce n'est pas que l'installation essayait de nous tuer, mais qu'elle ne nous a même pas remarqués avant qu'on commence à céder. On n'était que de la poussière dans une machine, et la poussière commence enfin à riposter."

L'histoire suit un Spartan piégé sur la structure Forerunner estropiée Installation Zéro tout en détenant une Clé extraterrestre vitale. Traqué par l'Arbiter et ses forces Covenant, vous naviguez dans l'architecture changeante et hostile tout en affrontant les Sentinelles Forerunner automatisées qui purgent agressivement tout ce qui altère l'équilibre de référence de l'installation.

Après des jours d'isolement, un détachement de l'UNSC arrive en orbite. Vous dégagez une zone d'atterrissage pour que le capitaine Thorne, le Dr Aris et les ODST du sergent Vane puissent établir une Base d'Opérations Avancée. Cela crée un conflit volatil à plusieurs fronts impliquant l'UNSC, les poursuivants de l'Arbiter, un impitoyable Maître de Vaisseau Covenant connu sous le nom de la Faux qui veut détruire l'installation à tout prix, et les systèmes de défense automatisés de l'Installation elle-même.

La situation tourne au désastre lorsque le conflit déstabilise des secteurs de confinement localisés, libérant une infection Flood dormante. Poussé par la guerre mentale télépathique du Gravemind, le parasite commence à tout consumer sur son passage, plaçant vous, l'équipe de survie de l'UNSC et le Covenant en plein milieu d'un environnement en effondrement au bord d'une purge totale de l'installation.