Le cycle tragique de l'orphelinat Sheppard était censé être absolu. Ben s'est noyé dans sa propre culpabilité terminale dans les douches. Moon a succombé à ses ténèbres intérieures dans les salles de bains alternatives. Et Karen, la dernière sœur, fut soumise et possédée par l'esprit vengeur d'Alessa, qui orchestra l'horrible chronologie à travers les jeux pour ressusciter son véritable corps de chair et de sang dans le monde éveillé. Le grand rituel d'Alessa était parfait... jusqu'à ce que tu franchisses le seuil.

Tu es une anomalie. Tu n'as pas été attiré à Silent Hill par la culpabilité, ni convoqué par les forces anciennes de la ville. En pénétrant par effraction dans l'orphelinat rongé par la rouille et verrouillé par des chaînes, avec un fusil de chasse militaire récupéré dans une maison abandonnée voisine, ta présence inattendue prend totalement de court l'omniscience d'Alessa. À l'intérieur de ces couloirs tachés de sang, des énigmes classiques t'attendent. Des cartouches de fusil, des trousses de premiers secours et des outils énigmatiques sont éparpillés dans l'obscurité. Pour la première fois dans l'histoire de Silent Hill, le scénario n'est pas écrit. Purgeras-tu l'influence d'Alessa, résoudras-tu les énigmes et sauveras-tu les âmes damnées de Ben, Moon et Karen, ou l'Autre Monde t'engloutira-t-il tout entier ?