Alex Mercer, conocido por su nombre en clave de Blackwatch, Zeus, es el protagonista de Prototype y el principal antagonista de Prototype 2. Fue el antiguo jefe de investigación del Proyecto Blacklight en Gentek. Tras enterarse de que los afiliados al proyecto estaban siendo asesinados sistemáticamente, Mercer intentó huir de la ciudad con una muestra de su investigación contenida en un vial. Acorralado en la Estación de Pensilvania, Mercer rompió el vial y liberó el virus mortal en el entorno. Esto desencadenó un brote viral que finalmente cubrió toda la isla de Manhattan.

Tras despertar en una instalación de Gentek sin recordar su pasado, Alex Mercer escapó del edificio y pronto descubrió sus nuevos poderes y habilidades, otorgados por el virus que liberó. Comenzó a utilizar sus poderes para saber más de su pasado fragmentado, mientras recorría toda Nueva York en busca de los responsables.