Tras salir de Hongyuan, los Pecadores esperan en un camión de transporte de LCCB una reunión planeada con Saude, Vergilius y Pilot. Cuando empiezan a preocuparse por la inusual tardanza de Saude, ella entra corriendo, gravemente herida, con la noticia de que la sede de Limbus Company está siendo invadida, y de que ella y los demás fueron atacados por miembros de the Thumb. Mientras Saude se pone a formar un portal que lleve a la sede de Limbus Company, reciben una transmisión de uno de los atacantes en la sede, que se dirige directamente a Ryōshū, llamándola su "querida hija" y pidiéndole que vuelva a casa. Ryōshū comprende que le ha llegado su turno y advierte a Dante que las "Arañas" han venido a tejer su telaraña. Poco después, Vergilius regresa, enzarzado en combate con dos miembros de the Thumb, Lucio y Valencina, que irrumpen en el camión, sujetando a Charon como rehén.

Mientras Vergilius, inquieto y limitado por la amenaza contra la vida de Charon, choca sus espadas con Valencina, Ryōshū identifica a la mujer como "la Madre Nodriza del Pulgar", una de los miembros de los Cinco Dedos que la criaron, perteneciente a una organización llamada Casa de las Arañas. Las dos mantienen un intercambio acalorado, en el que Valencina habla con desdén a Ryōshū y le dice que pronto abandonará la compañía para volver a casa. Cuando el portal que conduce a la sede se abre, Valencina le dice que siga adelante, pues las otras Madres Nodrizas la esperan; mientras Vergilius se queda atrás con Valencina, los Pecadores atraviesan el portal.

Los Pecadores encuentran la sede en total desorden, con innumerables investigadores muertos, apuñalados con peculiares armas en forma de espiral. Entre ellos, los Pecadores encuentran a Alyssa, que yace en estado crítico, pero aún logra hablar. Alyssa recuerda las repentinas circunstancias del ataque y del arma que la apuñaló, y Ryōshū comprende que la única forma de salvarla sería "desbloquear" la espiral con un código, que antes conocía pero que ya no logra recordar. Mientras Dante empieza a vislumbrar sus recuerdos, descubren que están muy censurados y desgarrados, y la propia Ryōshū explica que su memoria está hecha jirones. Los Pecadores deciden entonces seguir avanzando y volver a por Alyssa.

Tras combatir contra varias Anormalidades escapadas y autómatas del Anillo, por fin se topan con Hohenheim, Marton, Moses, Ezra y Aeng-du, la recién contratada del LCD, atrincherados en el sector de transmisión de la sede. Los dos grupos intercambian información, y los Pecadores descubren que la LCE había estado realizando un experimento con las Ramas Doradas recuperadas, habiendo logrado injertarlas entre sí. Queda claro que el ataque comenzó como un intento de la Casa de las Arañas de hacerse con la Rama injertada.

Juntos, acuerdan que los Pecadores asegurarían las Ramas Doradas, el LCD repelería a los monstruos errantes y la LCE restauraría la energía de las instalaciones. Por desgracia, los muros cambiantes del laboratorio acaban agrupándolos en equipos inesperados: Dante con Yi Sang, Gregor, Meursault y Ryōshū; después Moses con Ezra, Aeng-du, Ishmael, Rodya, Outis y Hong Lu, y, por último, Hohenheim con Marton, Faust, Heathcliff, Sinclair y Don Quijote. Al final, el equipo de Dante acuerda ir tras las Ramas, mientras el de Moses neutraliza a los enemigos y el de Hohenheim restaura la energía.

Mientras tanto, el grupo de Dante presencia la llegada de una oleada de agentes de la LCA a la instalación para hacer frente al caos, solo para ser interceptados por la Madre Nodriza del Índice, Rien, que los derrota sin esfuerzo. Sin más opción que seguir adelante, el grupo se dirige a la sala que alberga las Ramas Doradas, solo para toparse con la Madre Nodriza del Meñique, la Estrella Dihui, su aprendiz Ren, y la aprendiz del Anillo, Albina. Mientras Ren y Albina combaten contra los cuatro Pecadores, la Madre Nodriza del Meñique se marcha con las Ramas. Durante la batalla, las dos aprendices se vuelven la una contra la otra, lo que permite a los Pecadores huir y perseguir a la Estrella Dihui. Mientras avanzan, Ryōshū revela que sus recuerdos desgarrados son un efecto secundario de desenvainar su espada, que tenía una hija a la que dejó oculta en una Bóveda del Tiempo en la Casa de las Arañas, y que había firmado su contrato con la LCB para poder volver con ella y liberarla.

En el camino, el grupo se topa con dos nuevos contratados llamados Ravi y Sora, que habían sobrevivido al ataque pero habían quedado atrapados bajo los escombros. Sora se ofrece a guiar al grupo hasta el ascensor, y los dos se unen al grupo. Al llegar y encontrarse cara a cara con la Madre Nodriza del Meñique, Sora revela ser la aprendiz de la Madre Nodriza del Índice y que su verdadera lealtad pertenece a la Casa. Sora manifiesta su E.G.O Florecido y ataca para matar a Dante, y los cuatro miembros de la LCB enfrentan una batalla difícil contra Sora. Son salvados por la aparición sorpresa de Vespa, que despacha rápidamente a Sora antes de partir hacia sus otros aliados, dejando a los Pecadores solos con la Estrella Dihui, Shiomi Yoru. Para tener una oportunidad contra la Madre Nodriza, Dante intenta desbloquear una nueva habilidad del Retoño de Luz: consiguen invocar las Identidades de Pecadores que no estaban presentes, con la consecuencia de que los Pecadores reales caen inconscientes donde estaban, dejando a los miembros del LCD y la LCE para que se defiendan por sí solos.

Mientras tanto, el grupo de Moses consigue restaurar las cámaras de seguridad: a través de ellas ven a la Madre Nodriza intermedia Matthias irrumpiendo en la instalación, y se sorprenden al descubrir que su hija, Kira, ha llegado a su escondite. Mientras los dos miembros intermedios se reúnen, el grupo intenta escapar, liberando a diversas Anormalidades y Distorsiones en un intento de contenerlas. Matthias atraviesa todo, y el grupo acaba enfrentándose a él en combate. Sin embargo, los Pecadores invocados mediante la habilidad Retoño de Luz de Dante caen inconscientes de repente, dejando a Ezra, Moses y Aeng-du para hacer frente a él solos. Matthias los supera en combate, y Aeng-du pierde primero su espada y luego ambos brazos. Antes de que el encuentro se vuelva fatal, sin embargo, Vespa llega en su ayuda, aunque antes de que pueda enfrentarse adecuadamente a la Madre Nodriza, Matthias recibe noticias de que los demás miembros de la Casa han logrado su objetivo, y él y Kira se retiran.

En el otro extremo de la instalación, Hohenheim y Marton luchan contra Calisto, la Madre Nodriza del Anillo. Aunque los Pecadores habían acordado mantener ocupada a la Madre Nodriza mientras restauraban la red eléctrica de la instalación, al caer inconscientes quedan solos e incapaces de igualarla en combate. Cuando la Madre Nodriza se acerca, Marton se adelanta para proteger a Hohenheim, elevando su Sintonía E.G.O a niveles letales para distraer a la Madre Nodriza y dar a Hohenheim tiempo suficiente para reiniciar la red eléctrica. Como Matthias, Calisto se retira poco después, al recibir la noticia de la recuperación de la Rama. En el camión de transporte de la LCCB, Valencina y Lucio hacen lo mismo.

Mientras tanto, en los ascensores donde Dante había invocado al resto de la LCB, los Pecadores se enfrentan a la Estrella Dihui, pero poco a poco son superados. Durante la batalla, Ryōshū comenta lo contenta que está de haber cortado la lengua de la Madre Nodriza con su espada, pues toda herida hecha con esa hoja siempre se reabre en su presencia; entonces se sorprende al descubrir que la Estrella Dihui puede seguir hablando, y revela que la Madre Nodriza era consciente del plan de Ryōshū para salvar a su hija, que consistía en encerrarla en una pequeña caja fuerte, una Bóveda del Tiempo escondida en algún lugar de la Casa de las Arañas. Tras derrotar a los Pecadores en combate, la Estrella Dihui contacta con las otras Madres Nodrizas y luego escapa. La Madre Nodriza del Índice se une a ella poco después, recupera a Sora y le da a Ryōshū el código de las armas en espiral, dejando atrás la caja fuerte donde Ryōshū había escondido a su hija, Araya. Ryōshū abre la caja fuerte desesperadamente, solo para encontrarla vacía, lo que la hace desmayarse por la conmoción.

Algún tiempo después, los miembros supervivientes de Limbus Company se reúnen con la intención de asaltar la Casa de las Arañas y vengarse de las Madres Nodrizas mediante la Operación Pira de Araña.

La operación divide a los Pecadores en cuatro grupos de tres, apoyados por otro personal de Limbus Company: Sinclair, Ishmael y Faust, con Hohenheim y Alyssa enfrentándose al Anillo, la Madre Nodriza Calisto y su aprendiz Albina; Don Quijote, Hong Lu y Yi Sang con Moses, Ezra y Vespa contra la Madre Nodriza intermedia Matthias y su aprendiz Kira; Gregor, Heathcliff y Rodion con Vergilius contra la Madre Nodriza del Pulgar Valencina y su aprendiz Lucio; Ryōshū, Meursault y Outis con el Equipo de Vanguardia Udjat 1 de la LCA, dirigido por Jamila, contra las Madres Nodrizas del Índice y del Meñique, Rien y Shiomi Yoru. Los grupos entran en la Casa de las Arañas por la Puerta Trasera, aterrizando cada uno en el Corredor del Dedo correspondiente.

Durante el enfrentamiento con el Anillo, todo el grupo queda superado, pero cuando Alyssa y Hohenheim están a punto de morir a manos de Calisto, el Signo de Sinclair despierta, invocando una versión de sí mismo de un futuro en la que es un veterano de una Segunda Guerra del Humo, librada entre humanos y humanos que "ya no tenían el aspecto de tales", como los usuarios de prótesis y las Distorsiones. Esta versión de Sinclair consigue cambiar el curso de la batalla y, finalmente, destruye tanto a Albina como a Calisto.

Mientras tanto, el grupo de Moses consigue la ventaja sobre los intermedios. En un intento de matar a Vespa, Matthias usa a Kira como distracción y la parte por la mitad para lanzar un ataque que Vespa esquiva. Mientras Hong Lu trata las heridas de Kira y la salva de una herida mortal, Matthias es finalmente derrotado, muriendo a manos de Vespa y Moses.

En el enfrentamiento contra la Madre Nodriza del Pulgar, Valencina, y su aprendiz Lucio, Gregor es el objetivo de Valencina, una veterana de la Guerra del Humo que había combatido contra la Old G Corp. A medida que la batalla se alarga, Lucio, que había sufrido heridas graves en el encuentro anterior con Vergilius, ya no puede seguir luchando, lo que lleva a Valencina a humillarlo verbalmente con una brutalidad que conmociona a los Pecadores. En particular, Gregor recuerda palabras similares que había recibido de Hermann, y se vuelve más inestable, hasta que Lucio intenta un último ataque contra él. Bajo esta presión, Gregor pierde el control de su brazo, que se extiende y atraviesa el pecho de Lucio, arrancándole el corazón y matándolo. Mientras Valencina lo ataca en un arrebato de furia, Gregor pierde aún más el control de sí mismo y comienza a metamorfosearse en una nueva forma: el cuarto arma decisiva de la Old G Corp., el Emperador Cucaracha. En esta forma, Gregor mata a Valencina, y finalmente es derribado y devuelto a la normalidad por los otros tres.

El último grupo de Pecadores queda separado de sus compañeros: Jamila y los Udjat son transportados al Corredor del Índice, donde Rien los aniquila sin esfuerzo, mientras los propios Pecadores se dirigen al Corredor del Meñique, donde se encuentran de nuevo con la Estrella Dihui. Durante la batalla, mientras ella y Ryōshū hablan, Dante vislumbra fragmentos de los recuerdos de Ryōshū. Mientras los Pecadores se enfrentan a la Madre Nodriza del Meñique, descubren la educación de Ryōshū en la Casa de las Arañas, y que había nacido de la Estrella Dihui, cuya sangre la convertía en la portadora adecuada de su espada, la Reliquia "Arayashiki"; Araya, en cambio, había sido producida por el Pulgar como otra posible candidata para portar la Reliquia, pero Ryōshū la acogió y la crio como una niña normal. Aunque algunas de las Madres Nodrizas se opusieron al principio, Rien llegaría a encontrar una utilidad para Araya, viéndola como una "atadura" que podía unir a Ryōshū a la Casa.

En su juventud, después de que uno de sus tutores, Lei Heng, convenciera a Ryōshū de desenvainar Arayashiki, descubriría que la espada tenía el efecto secundario de cortar uno de sus recuerdos más queridos cada vez que se empuñaba desenvainada, y tras aquel incidente, Ryōshū solo debía empuñarla desenvainada por acuerdo colectivo de las Madres Nodrizas. Tras adoptar a Araya, Ryōshū comprendió que tener que empuñarla a petición de la Madre Nodriza significaba que la espada amenazaba con robarle sus recuerdos de su hija, y decidió encontrar la manera de liberarlas a ambas de la Casa de las Arañas. Finalmente, Ryōshū hizo que Araya se escondiera en la Bóveda con la intención de mantenerla a salvo hasta que pudiera regresar lo bastante fuerte como para destruir la Casa, y comenzó a abrirse camino entre las Madres Nodrizas en su huida.

Al enfrentarse ahora a la Madre Nodriza del Meñique, Ryōshū recuerda el momento en que había atacado a Shiomi Yoru antes de marcharse, cortándole la lengua mientras Yoru le recordaba que nunca se libraría de la Casa de las Arañas. Cuando Ryōshū derriba a la Madre Nodriza del Meñique, atravesándole el corazón, se revela que durante su último encuentro, Ryōshū ya había matado a Shiomi Yoru de la misma manera, pero el recuerdo había sido mutilado por la espada, lo que la llevó a olvidarlo. La Estrella Dihui moribunda revela que en realidad es Araya, que había abierto la caja fuerte y había quedado "entrelazada temporalmente", un suceso que la hizo vivir numerosas décadas dentro de la caja fuerte, provocando que envejeciera y que a veces "cambiara" entre sus versiones joven y anciana. Rien la encontró y le ofreció ocupar el asiento vacante de la Madre Nodriza del Meñique, pues trabajar con la Casa le permitiría volver a enfrentarse cara a cara con Ryōshū.

Al darse cuenta de la verdad, una Ryōshū afligida rompe su contrato con Dante y comienza a usar Arayashiki con un abandono temerario. Rien, Sora y Ren aparecen poco después en la escena, y Rien comenta, regocijado, que Ryōshū ha entrado en un estado de "no-yo". Cuando Sora y Ren avanzan para enfrentarse a Ryōshū en combate, Arayashiki los borra por completo, hasta el punto de que Rien y los Pecadores, salvo Dante, pronto olvidan sus nombres. Mientras Ryōshū se convierte en nada más que un vórtice de tajos que intenta esculpirse fuera de la existencia, Rien revela que este estado actual es la verdadera forma de lo que la Casa de las Arañas buscaba crear: una portadora perfecta de Arayashiki, que se convierte en algo parecido a un Incinerador de Conceptos humano, en el que cualquiera puede arrojar sus secretos no deseados para ser olvidado para siempre.

Sin embargo, Araya, todavía aferrada a la vida y ahora consciente de que Ryōshū siempre había tenido la intención de volver por ella, pide la ayuda de Dante para llegar hasta su madre: con la ayuda de una nueva habilidad de Durante, Ira, Dante logra forjar una nueva cadena, que Araya lleva a Ryōshū, reafirmando su amor. Esto restablece el contrato de Ryōshū y crea una nueva vaina para Arayashiki hecha con el propio E.G.O de Araya, pero al precio de que la propia Araya sea cortada. Rien se presenta entonces como el último oponente para impedir que Ryōshū se marche, y Dante, usando las habilidades incompletas de Malkuth e Ira, invoca a todos los Pecadores para enfrentarse a la última Madre Nodriza. Con un último golpe de Arayashiki, Ryōshū se separa de la Casa de las Arañas, derrota a Rien, pero le permite escapar.

Al final de la operación, cuando toda amenaza de la Casa ha sido aniquilada, las Ramas Doradas se encuentran guardadas en el randoseru rojo de Araya. Tras regresar al camión de transporte de la LCCB, Dante reflexiona sobre cómo Ryōshū ha olvidado todo sobre Araya, pero Faust afirma que, según el principio del entrelazamiento, mientras exista la mitad de una conexión, la otra podría algún día restaurarse también, insinuando la posibilidad de que, mientras Ryōshū conserve su vaina, algún día pueda reencontrarse con su hija.

En otro lugar de la Ciudad, un Rien gravemente herido se encuentra con varios Proxies del Índice, que lo persiguen por no obedecer un Prescrito, y los repele. Al desplomarse en el suelo, recibe un Prescrito que le pide recitar cierto poema para imitar la muerte del Silencio , pero se detiene a mitad, decidiendo que es demasiado agotador. En lugar de eso, le desea lo mejor a su hija y se quita la vida con la única arma que el Prescrito le permite usar: una cuchara de plástico.

En otro lugar, Faust celebra una reunión clásica de Walpurgisnacht con el Gesellschaft, para pedir información sobre la filtración de seguridad que permitió a la Casa de las Arañas llegar a la sede de Limbus Company. Tras algunas burlas de los otros Faust, se revela que la filtración y el sabotaje procedían de Dias, el Director Ejecutivo de la Compañía. Más burlas revelan que la Faust Pecadora era antes administradora del Gesellschaft, y que, aunque ha sido la Faust más fructífera en su búsqueda de las Ramas, deberá recolectarlas, "plantar el retoño y cosechar una manzana de él" para tener la oportunidad de ser reinstaurada.

Mientras tanto, la Nueva Liga de los Nueve Literatos es informada por Nelly de la operación y del contraataque de Limbus Company contra la Casa de las Arañas, antes de que Hermann pida a Nelly que siga al grupo. Los miembros de la Nueva Liga se preparan entonces para entrar en una reunión, en la que la junta de N Corp. discutirá la organización de una purga contra los usuarios de prótesis, encabezada por Jacob y Heinrich Kromer, los "Que Agarran", lo que permitirá a la Nueva Liga continuar con su plan para destruir todos los Mundos Espejo.