Optimus Prime es un antiguo cibertroniano y uno de los Autobots supervivientes más importantes, con una historia marcada por la guerra, el liderazgo, la pérdida y un conflicto prolongado. Para los acontecimientos de Transformers: La era de la extinción, ya lleva años luchando junto a los Autobots, primero durante la guerra cibertroniana y luego en las batallas que finalmente llevaron a los Transformers a la Tierra. Su vida ha estado definida por la supervivencia de su pueblo y por la responsabilidad de liderar a quienes permanecieron bajo su mando. No es simplemente otro soldado Autobot. Es un Prime, una figura cuyo nombre inspira autoridad entre los Autobots y cuyas decisiones lo han situado repetidas veces en el centro de su lucha por sobrevivir. Los acontecimientos de la guerra anterior y la Batalla de Chicago han reducido drásticamente la población Autobot, y Optimus sigue adelante a pesar de haber perdido a muchos de quienes lucharon a su lado.

Tras la Batalla de Chicago, la relación entre la humanidad y los Autobots supervivientes se deteriora gravemente. El gobierno de Estados Unidos pone fin a su cooperación con los Autobots, mientras que la opinión pública considera cada vez más que los Transformers son una amenaza. Aunque supuestamente están bajo protección, Cemetery Wind empieza a cazarlos en secreto. Optimus se convierte en uno de sus principales objetivos, mientras Lockdown lo persigue en nombre de los Creadores. La situación obliga a Optimus y a los Autobots supervivientes a esconderse, en lugar de permitirles operar abiertamente como antes. La persecución se vuelve personal cuando Lockdown localiza a Ratchet. Ratchet se niega a revelar dónde está Optimus y lo matan por protegerlo. Su pérdida se suma a la larga lista de bajas que rodean a Optimus y deja a los Autobots supervivientes cada vez más aislados.

El propio Optimus acaba sufriendo un ataque devastador en Ciudad de México. Queda gravemente dañado y se ve obligado a ocultarse transformado en un vehículo abandonado, intentando sobrevivir sin el apoyo de su equipo. Finalmente llega a Texas, donde Cade Yeager lo descubre y al principio lo considera poco más que una valiosa pieza de tecnología alienígena. Sin embargo, Cade decide repararlo en lugar de entregarlo. Durante ese periodo, Optimus sigue físicamente dañado y vulnerable, por lo que su recuperación depende de alguien ajeno a las filas Autobot. En cuanto vuelve a ser capaz de moverse, no permanece oculto indefinidamente. Se reúne con los Autobots supervivientes, entre ellos Bumblebee, Hound, Drift y Crosshairs, y vuelve a ocupar su lugar entre ellos.

El descubrimiento de lo que les ha ocurrido a los Autobots revela la magnitud de la persecución que sufren. Optimus descubre que los Autobots supervivientes han sido cazados, asesinados y recogidos de forma sistemática, y que sus cuerpos y restos están siendo trasladados a Kinetic Solutions Incorporated para investigar su tecnología. Leadfoot figura entre los asesinados, y las imágenes de su muerte les proporcionan a Optimus y a los demás Autobots pruebas directas de lo que le ha ocurrido a su especie. Sus enemigos no se limitan a una sola facción. Cemetery Wind los caza en la Tierra, KSI explota sus restos y Lockdown persigue a Optimus con un propósito completamente distinto, relacionado con los Creadores. Por ello, Optimus lucha por algo más que su propia supervivencia. Está guiando a los Autobots que quedan en una época en la que su propia existencia se ve amenazada.

La revelación acerca de los Creadores amplía la comprensión de Optimus sobre su propia historia. Lockdown le dice que los Creadores lo construyeron y que ahora quieren que regrese. Optimus se niega a aceptar que sea propiedad de nadie ni a obedecer por ese motivo; declara que no es esclavo de nadie. Lockdown acaba capturándolo y lo lleva a bordo de su nave, donde Optimus queda junto a los Caballeros y otros especímenes cibertronianos poco comunes que Lockdown ha reunido a lo largo de los siglos. El encuentro deja claro que la existencia de Optimus se remonta mucho más atrás que sus experiencias en la Tierra. Pertenece a una especie antigua cuyos orígenes están vinculados a seres que crearon a los Transformers con propósitos que aún solo se conocen en parte.

Durante su cautiverio, Optimus se encuentra con los Dinobots, antiguos guerreros cibertronianos que también han sido encarcelados por Lockdown. Su cautiverio es temporal, ya que Cade, Bumblebee y los demás Autobots se infiltran en la nave de Lockdown y lo liberan. Optimus entonces toma el control de la situación y busca la ayuda de los Dinobots. En lugar de tratarlos simplemente como armas que puede utilizar, se enfrenta directamente a Grimlock y establece su autoridad en combate antes de que los Dinobots se unan a los Autobots. Su liberación proporciona a Optimus una poderosa fuerza nueva justo cuando los Autobots supervivientes están muy superados en número y se enfrentan a un enemigo cada vez más peligroso.

Optimus regresa posteriormente a la Tierra y lidera a los Autobots en la batalla contra Galvatron y KSI. El conflicto va más allá de la supervivencia inmediata de un grupo. KSI ha desarrollado Transformers artificiales utilizando Transformium y tecnología cibertroniana robada, mientras que Galvatron representa el regreso de Megatron en una nueva forma. Por tanto, Optimus se enfrenta a un enemigo que arrastra la historia de su adversario más antiguo y, al mismo tiempo, a una nueva generación de máquinas artificiales creadas por los humanos. La batalla acaba teniendo lugar en Hong Kong, donde Optimus y los Autobots luchan para detener los planes de KSI e impedir que se utilice la Semilla de una forma que pueda provocar una destrucción catastrófica.

En la batalla final, Optimus lucha junto a los Autobots y los Dinobots, formando la última gran defensa contra las fuerzas de Galvatron. Tras derrotar la amenaza inmediata, no se limita a volver tranquilamente a una vida pacífica en la Tierra. Comprende que el peligro que lo rodea no ha desaparecido. Sigue habiendo una recompensa por su cabeza, y su presencia continua pone en riesgo a las personas que lo ayudaron. Por eso decide abandonar la Tierra y llevarse la Semilla a un lugar donde no puedan encontrarla. Su partida es voluntaria y está ligada a su responsabilidad de proteger a quienes lo rodean. Antes de irse, confía a Cade y a los Autobots la protección de la familia Yeager y reconoce la deuda que tienen entre sí.

La partida final de Optimus marca otra etapa de una vida definida por el movimiento, el conflicto y la responsabilidad. Abandona la Tierra sabiendo que los Creadores siguen siendo una amenaza y que la persecución de Lockdown ha revelado una historia mucho más amplia sobre su existencia. Carga con la pérdida de los Autobots asesinados durante la persecución, entre ellos Ratchet y Leadfoot, mientras que los supervivientes siguen dispersos y transformados por todo lo ocurrido. Su decisión de marcharse también lo separa de la familia humana que le salvó la vida, aunque los deja bajo la protección de sus aliados restantes. Sus últimas palabras a Cade sitúan su relación dentro de la historia más amplia de su vida: le expresa su gratitud y acepta que sus caminos podrían separarse.

Por tanto, al final de La era de la extinción, el legado de Optimus Prime es el de un Prime superviviente que ha resistido el colapso de la sociedad cibertroniana, años de guerra, la muerte de sus camaradas, la destrucción de su pueblo, la traición de antiguos aliados humanos, la persecución sistemática en la Tierra, la derrota física, el cautiverio y el descubrimiento de que los seres que crearon a su especie aún pretenden controlarlo. A pesar de todo lo ocurrido, sigue unido a los Autobots y continúa asumiendo la responsabilidad de garantizar su supervivencia. Su historia en la Tierra se convierte en tan solo un capítulo de una existencia mucho más antigua. Al abandonar la Tierra para ir tras los Creadores, se encamina hacia los orígenes aún sin resolver de los de su especie, mientras deja atrás a las personas y los Autobots que pasaron a formar parte de su vida durante los acontecimientos relacionados con Cade Yeager. Al final de la película, su historia sigue inconclusa; su próximo objetivo es encontrar a los Creadores y exigir respuestas por lo que les han hecho a él y a sus compañeros Transformers.