La Era Cósmica está dividida entre los Naturales y los Coordinadores que ellos crearon. Las cenizas de Junius Seven aún pesan sobre ambos bandos, y cada paz firmada desde entonces ha llevado en sí la semilla de la siguiente guerra. Por toda la Tierra, la Luna y las PLANTs, se construyen nuevas armas, se heredan viejos rencores y se envía a jóvenes pilotos a resolver aquello que sus mayores no pudieron.

Así comienza tu saga en la Era Cósmica: lucha junto a ZAFT, la Alianza Terrestre o Orb; sirve a la Facción Clyne o a Compass, o recorre en solitario el cinturón de escombros, entre chatarreros y mercenarios. Las decisiones que tomes repercutirán en la historia y determinarán si rompes el ciclo del odio o te conviertes en otro nombre perdido en él.