Ellie Williams nació en la primavera de 2019, para cuando la infección cerebral por Cordyceps ya se había extendido por todos los Estados Unidos. Su madre era una enfermera llamada Anna, aunque la identidad de su padre es desconocida. El día de su nacimiento, su madre falleció. Antes de morir, Anna encargó a su amiga más cercana, Marlene, que cuidara de Ellie. Sin embargo, Ellie no conoció a Marlene hasta que tuvo 13 años.[9]

De niña, Ellie creció como huérfana en una opresiva zona de cuarentena militar en Boston, Massachusetts, con poco conocimiento del mundo anterior a la infección.[10]

Según Ellie, en algún momento de su vida condujo un coche,[11] y usó un rifle de balines para disparar a las ratas.[12]